Бөлүмдүн негизги милдеттери төмөнкүлөр болуп саналат:
Кыргыз Республикасынын жарандык авиациясынын ишин жөнгө салуучу мыйзамдык актылардын долбоорлорун иштеп чыгууну координациялоо жана контролдоо;
Жарандык авиация чөйрөсүндөгү улуттук стандарттардын жаңы долбоорлорун иштеп чыгууну координациялоо жана контролдоо;
Жарандык авиация чөйрөсүндөгү колдонулуп жаткан улуттук стандарттарды Эл аралык жарандык авиация уюмунун (ИКАО) эл аралык стандарттарына жана сунушталган тажрыйбасына ылайык келтирүүнү координациялоо жана контролдоо;
ИКАОдон келип түшкөн түзөтүүлөрдү эсепке алуу жана аларды Кыргыз Республикасынын авиациялык эрежелерине (Кыргыз Республикасынын ченемдик укуктук актыларына) киргизүү боюнча чараларды көрүү;
Жарандык авиация агенттигинин түзүмдүк бөлүмдөрүндө үзгүлтүксүз ички аудиттерди жүргүзүү;
Агенттиктин башкаруу тутумунун, негизги процесстеринин жана тиешелүү жол-жоболорунун колдонулуучу улуттук жана эл аралык стандарттарга шайкештигин мониторинг жүргүзүү;
Шайкештик мониторингинин жыйынтыктарын Агенттиктин жетекчилигине сунуштоо, аныкталган шайкеш келбестиктерди жоюу жана алдын алуу боюнча чаралардын аткарылышын контролдоо;
- Тастыктамалоо иш-чараларынын жүрүшүндө Мамлекеттик агенттиктин инспекторлорунун ишинин сапатын жана белгиленген талаптарга шайкештигин баалоо максатында текшерүүлөрдү жүргүзүү;
Учуу коопсуздугун мониторинг жүргүзүү жана башкаруу максатында, ошондой эле учуу коопсуздугунун абалын талдоо үчүн учуу коопсуздугу боюнча маалыматтар базасын иштеп чыгуу жана колдоо;
Мониторинг жүргүзүү, коопсуздукту башкаруу, ошондой эле учуулардын коопсуздук абалына талдоо жүргүзүү максатында учуулардын коопсуздугу боюнча маалыматтар базасын иштеп чыгуу жана колдоо;
Учуу коопсуздугунун тобокелдиктерин мамлекеттик деңгээлде башкарууга катышуу, анын ичинде тобокелдиктерди талдоо жана аларды азайтуу боюнча чараларды киргизүү;
Эл аралык стандарттарга (ISO 9001) ылайык сапатты башкаруу тутумун иштеп чыгууга, киргизүүгө жана колдоого катышуу;
Учуу коопсуздугун камсыздоонун улуттук көрсөткүчтөрүнүн (SPI) аткарылышын мониторинг жүргүзүү жана аларга жетишүү боюнча аракеттерди координациялоо;
Улуттук коопсуздук максаттарына жетүү үчүн учуу коопсуздугу боюнча улуттук планда (мындан ары — УКБП) көрсөтүлгөн учуулардын коопсуздугун жогорулатуу боюнча демилгелерди (SEI) даярдоо жана ишке ашыруу;
Тобокелдиктерди башкарууга негизделген ыкмаларды киргизүүнү кошо алганда, НПБПда каралган милдеттердин жана демилгелердин аткарылышын мониторинг жүргүзүү;
НПБПда көрсөтүлгөн стратегияларды ишке ашыруу максатында эл аралык жана регионалдык авиациялык уюмдар менен өз ара аракеттенүү.